世紀風電設置內部稽核部門，直接對董事會負責，其工作為查核各作業項目並提出建議改善事項，以確保達成「營運之效果及效率」、「財務資訊之可靠性」、「相關法令之遵循」等目標，其內部稽核報告及稽核追蹤報告均呈送獨立董事審閱，稽核主管並列席董事會報告各項依稽核計劃進行查核工作。

內部稽核流程如下圖：

內部稽核係依金融監督管理委員會規定之事項進行查核，除各大交易循環（業務開發及收款、採購及付款、生產、人事薪工、融資、不動產、廠房及設備、投資、電子資料處理作業）外，重點尚包括：衍生性金融商品、背書保證、資金貸與他人、財產管理、預算管理、財務報表、關係人交易、對子公司之監督與管理、董事會議事運作、防範內線交易等；並依規定呈報審計委員會查閱。

為防範公司運作過程中可能產生的從業人員道德風險，除了加強對人員品德操守之嚴格要求外，在制度設計方面，更藉由嚴謹之內部控制、規章辦法，配合定期與不定期之內部稽核，以遏阻弊案發生。